要明确协议约定父亲永久居住权的合法性，需结合《民法典》中关于居住权的具体规定进行分析。
根据《中华人民共和国民法典》第三百六十六条规定：“居住权人有权按照合同约定，对他人的住宅享有占有、使用的用益物权，以满足生活居住的需要。” 第三百六十七条规定：“设立居住权，当事人应当采用书面形式订立居住权合同。” 第三百六十八条规定：“居住权无偿设立，但是当事人另有约定的除外。设立居住权的，应当向登记机构申请居住权登记。居住权自登记时设立。”

在离婚房子归孩子所有的情况下，孩子是房屋所有权人。若协议约定父亲的永久居住权，需满足以下法律适用条件：首先，需采用书面形式订立居住权合同，明确约定永久居住的内容；其次，若孩子为未成年人，父母作为监护人需以孩子利益为出发点，不得通过约定居住权损害孩子的财产权益；最后，需向登记机构申请居住权登记，否则居住权不发生法律效力。因此，在符合上述法律规定的前提下，协议可以约定父亲的永久居住权。
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在处理父亲永久居住权的问题时，以下常见的错误操作可能导致居住权无法实现：
1. 仅在离婚协议中提及居住权，未单独签订书面居住权合同：根据《民法典》规定，设立居住权需采用书面形式，若仅在离婚协议中简单提及，可能因形式不符合法律要求导致居住权不成立；
2. 未办理居住权登记：居住权自登记时设立，若未办理登记，即使签订了书面合同，父亲也无法取得合法的居住权，无法对抗善意第三人；
3. 孩子为未成年人时，父母一方擅自约定居住权：若父母一方未与另一方协商，擅自以孩子监护人的身份约定居住权，可能因损害孩子利益或违反监护职责导致居住权无效。

若您已出现上述错误操作，建议及时纠正，避免权益受损。如需了解具体的补救措施，可进一步向律师咨询。
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关于离婚后房子归孩子所有时能否在协议中约定父亲的永久居住权，这一问题的核心在于居住权的设立规则。
离婚房子归孩子所有时，协议可以约定父亲享有永久居住权，但需满足法定条件。

1. 若孩子为未成年人，作为监护人的父母（包括父亲）需以维护孩子利益为前提协商设立居住权，且需明确居住权的设立目的是保障父亲的基本居住需求，不得损害孩子的财产权益；
2. 若孩子已成年，需取得孩子（房屋所有权人）的明确同意，父亲与孩子需通过书面形式约定永久居住权的具体内容；
3. 若协议中未明确居住权的设立方式（如未采用书面形式、未办理登记），则父亲的居住权可能无法依法设立。
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约定父亲永久居住权可能存在以下法律风险，需引起重视：
1. 居住权合同无效的风险：例如，若孩子为未成年人，父母在居住权合同中约定父亲可将房屋出租获取收益，该条款因损害孩子的财产权益而无效，导致父亲的居住权无法得到法律保障；
2. 居住权被撤销的风险：根据《民法典》第三百七十条规定，居住权期限届满或者居住权人死亡的，居住权消灭。若父亲的永久居住权未明确约定不得撤销，且后续出现父亲损害孩子财产权益的情况（如擅自改变房屋结构），孩子（或其监护人）可能通过法律途径撤销居住权。

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